虽然目前的智能交易系统在外汇投资当中运用都很普遍，而且其本身具有的优势也是毋庸置疑的，但是，当我们在运用交易系统的时候还是要注意以下几个问题。
第一、把人为的主观分析编成理性的计算机程序，需要我们舍去很多以往交易中的经验，而这些宝贵经验往往是无法通过计算机语言所能描绘的。
第二、没有任何一个交易系统既能在趋势行情中获利又能够在振荡走势中获利，只有在恰当的时间使用了适合的交易系统才会获取最大收益。
第三、任何交易系统都是人设置的，所以不同的人，由于对技术分析的理解、解读、使用不同，设置出的交易系统是完全不一样的。
第四、时间周期不同(5、30、60分钟，日图、周图、月图)，交易系统给出的交易信号可能会完全不同，投资者应当根据交易品种的特性选择不同的时间周期，并且应当严格按照交易系统选择的时间周期交易。
第五、程序化交易系统体现了交易者的交易思路和交易风格，但它只是交易的辅助手段，人才是交易的主体，不能本末倒置。
因此，当我们在运用交易系统做投资的时候，一定要明白，只有适合自己交易风格的交易系统才是最有效的，只有将交易系统与风险管理和资金管理相互结合，才能发挥其最大功效。
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